El 5 de junio 2009, las autoridades peruanas emprendieron una sangrienta represión de protestas indígenas quienes pidieron la derogación de decretos legislativos permitiendo el saqueo ilimitado de las riquezas naturales de sus territorios, medida justificada por el Tratado de Libre Comercio entre Estados Unidos y Perú. La Comisión de la UE mantiene un incomprensible silencio ante los actos violentos, a la vez que sigue negociando un ’Acuerdo Comercial Multiparte’ de carácter netamente neoliberal con Perú, Colombia y Ecuador en Bogotá.
Los eurodiputados Raül Romeva y Bart Staes, comentaron al respecto:
"Ya van casi dos semanas desde que ocurrió la masacre, y todavía ni la Comisión ni el Consejo de la UE han publicado una declaración - ni mucho menos una condena - de la brutal represión a las protestas en la región amazónica del Perú. Esto es totalmente inaceptable. Mientras que las instituciones europeas mantienen un estricto silencio ante docenas de asesinatos y un sinnúmero de desapariciones, la Comisión se encuentra en Bogotá para negociar un acuerdo de libre comercio con el Perú. Este acuerdo comportará importantes efectos negativos, poniendo en peligro la vida humana y el medio ambiente de la región.
Prácticas comerciales neoliberales, netamente agresivas, son el motivo conductor de las protestas de los pueblos indígenas, cuyas tierras se ven amenazadas por la sobreexplotación masiva, la deforestación, la explotación minera y petrolera. Una vez más, la Comisión de Barroso opta por favorecer el gran negocio de compañías europeas por encima del medioambiente y de los derechos humanos de poblaciones locales.
La Comisión de la UE tiene que suspender las negociaciones actuales para un acuerdo de libre comercio con el Perú, Colombia y Ecuador. Junto con el Consejo tiene que revisar a fondo las líneas directrices de negociación de un acuerdo futuro que debe incluir además el conjunto de la comunidad andina. De manera reiterada, el Presidente peruano Alan García ha ignorado los compromisos internacionales del Perú con relación a los derechos de los pueblos indígenas, como los que otorga el Convenio 169 de la OIT. Por esto resulta imprescindible que cualquier acuerdo con la UE contemple un escrupuloso respeto de los derechos de los pueblos indígenas".